肠镜检查不属于大病报销，不能按大病保险处理。
大病保险是对城乡居民因患大病发生的高额医疗费用给予报销，目的是解决群众反映强烈的“因病致贫、因病返贫”问题，使绝大部分人不会再因为疾病陷入经济困境。2012年8月24日，国家发展和改革委、卫生部、财政部、人社部、民政部、保险监督管理委员会等六部委《关于开展城乡居民大病保险工作的指导意见》发布，明确针对城镇居民医保、新农合参保（合）人大病负担重的情况，引入市场机制，建立大病保险制度，减轻城乡居民的大病负担，大病医保报销比例不低于50%。
肠镜检查住院大病是报销的。它是属于医保范围内的一种检查项目。平时如果需要进行肠镜检查，一定要及时检查。所以不管是门诊检查还是住院检查，这一部分费用都是可以报销的。不过费用并不是100%的报销，不同的地区不同的医院报销的比例可能有所不同，最好去当地的医院进行详细的咨询
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